Oraşul Agnita este atestat pentru prima dată în anul 1280; atunci Henricus de Sancta Agatha et Theodosius filius Herbordi cumpără o moară la Stejăriş; renumit altădată prin breslele tăbăcarilor, cismarilor, cojocarilor, croitorilor, dogarilor, olarilor şi altele, cu economie semirurală, a fost de timpuriu centrul schimbărilor comerciale a liniştitei văi a Hârtibaciului, prin care nu trecea niciunul din marile drumuri ale Transilvaniei. Ludovic de Anjou conferise Agnitei (“villam nostram Zenthagata”) deja în 1376, dreptul de a ţine iarmaroc anual în ziua de 24 iunie. Din acest privilegiu s-au ivit dese diferende cu Cincul Mare – reşedinţa “Scaunului de Schenk” – de care aparţinea şi Agnita, oglindite în numeroase documente. Astfel, regele Ludovic a fost obligat să reconfirme în două rânduri (1379 şi 1381) Agnitei dreptul iarmarocului ca şi dreptul păstrării sigiliului Scaunului, sediul judecătoriei, cum rezultă şi din documentul din 1409 emis de cancelaria regelui Sigismund de Luxemburg. În 1466, regele Matei Corvin acordă Agnitei şi “jus gladii”, dreptul de a condamna prin execuţie cu spada, precum şi permisiunea de a ţine în caz de război jumătate din totalul bărbaţilor apţi de luptă, pentru apărarea cetăţii, cu motivarea că localitatea ar fi situată “la graniţele Transilvaniei şi pentru a evita ocuparea cetăţii de oşti străine”.
Aceste privilegii regale confirmă existenţa cetăţii din Agnita în 1466, ea fiind construită probabil odată cu biserica-hală gotică înălţată pe fundamentul unei bazilici romanice fără turn, din secolul XIII timpuriu, fortificată în primul sfert al secolului XIV. În anul 1407 se întreprind lucrări la biserică, iar în primul sfert al secolului XVI se transformă vechiul edificiu într-o biserică-hală în stil gotic.
Data când a fost construită biserica-hală nu ne este cunoscută. Treiber situează, ca de obicei, construcţia bisericii foarte timpuriu: „din planul bisericii din Agnita putem citi printre rânduri despre o bazilică benedictină construită în jurul anului 1200. Dacă construcţia bisericii s-a desfăşurat fără întrerupere, sau a fost întreruptă de războaie, rămâne deocamdată necunoscut. Planul iniţaţial al construcţiei, deşi modificat de-a lungul vremii, va fi unul de care fiecare dintre meşterii care au lucrat aici va ţine seama„.
Stâlpii masivi intercalaţi de arce semicirculare de pe partea de nord a navei centrale permit presupunerea că edificiul a fost, mai întâi, o bazilică romanică ridicată în prima jumătate a secolului XIII. Într-un document păstrat până în 1948 în biserică, era indicat anul 1409 ca fiind acela al construcţiei bisericii actuale.
Cetatea, alcătuită dintr-o triplă incintă, a fost ridicată în mai multe etape, aşa cum mai târziu a fost şi demolată la diferite intervale. Cele patru turnuri de apărare, construite din piatră de râu sau de carieră, aparţineau curtinei interioare. În centrul laturii nordice, turnul dulgherilor, cu o intrare boltită prevăzută cu hersă, veghea asupra porţii. În est, se înalţă, turnul făurarilor (sau al Hotentoţilor), în sud-est turnul croitorilor, iar în sud-vest turnul cismarilor în care, până nu demult, două caturi adăposteau slănina agăţată de bârnele platformelor de lemn.
În sectorul sudic, între turnul cismarilor şi turnul croitorilor, mai dăinuie vechile şoproane de lemn (azi transformate în toalete pentru elevii şcolii din imediata apropiere a bisericii), acoperişul lor oblic coborând de pe coroana zidului spre curte, de care nu erau despărţite mai înainte de peretele actual. În interiorul turnurilor se recunoaşte construcţia din piatră brută, exteriorul lor fiind tencuit. Turnurile cu câte cinci caturi sunt toate prevăzute cu metereze mici, practicabile exclusiv pentru armele de foc, nişele fiind boltite prin arcade de piatră aşezate verticale sau acoperite de lespezi suprapuse marginal. Cu excepţia turnului croitorilor, caturile inferioare ale turnurilor sunt boltite semicilindric, intrarea spre caturile superioare făcându-se la înălţimea catului al doilea printr-o scară mobilă, azi pe înguste scări de lemn acoperite. Turnurile îşi datorează denumirile faptului că îngrijirea şi apărarea lor erau datoria diferitelor bresle care îşi păstrau în turnul lor şi slănina. Sarea folosită din abundenţă pentru conservarea slăninii a atacat, până la urmă, lemnăria platformelor din lemn ce separau caturile, unele bârne fiind azi complet putrede. Curtina interioară cuprindea o curte de formă ovală având un diametru de 55-65 m – dacă luăm colţurile interioare ale turnurilor drept puncte de reper – curtina a doua legând colţurile exterioare ale turnurilor. Între aceste două curtine se afla “Zwinger-ul”, curtea animalelor, adăpostite acolo în caz de pericol, iar a treia curtină, de formă poligonală neregulată, includea un şanţ cu apă, în exterior curtina fiind protejată de pârâul apropiat şi de terenul mlăştinos. În 1845 a fost demolată a treia curtină, în 1867 au fost demolate cămările de provizii ce înconjurau incinta interioară, pentru ca în 1870 să cadă şi ultimele vestigii ale triplului cordon de curtine, lăsând turnurile complet izolate, din materialul obţinut prin demolare construindu-se noua şcoală.
Construcţia de pământ cu palisadă de până la 1466, părţile inferioare precum şi rigolele zidului bisericii au trebuit înlocuite prin ziduri, turnuri, porţi înalte şi rigole adâncite, care au durat multe secole; reconstrucţia bisericii a angrenat un numar important de oameni şi a secătuit, după câte se pare, bugetul comunităţii locale. Şi alte părţi ale bisericii au suferit transformări în această perioadă. Nava laterală de nord obţine un etaj cu o podea de lemn plată. În acest timp, în Transilvania, se instalase deja stilul gotic în tehnica construirii, care însă nu a mai fost întrebuinţat la această biserică.
Cetatea a fost înzestrată cu patru turnuri şi trei caturi. O cetate ţărănească mai veche a fost semnalată lângă Agnita, pe Dealul Lempesch. Cetatea de la Agnita avea şi misiunea de a semnala, prin flăcări, apropierea pericolului, pentru toate celelalte cetăţi de pe Valea Hârtibaciului.
Nucleul cetăţii îl constituia biserica hală în stil gotic. Corul ei alungit, închis spre est pe trei laturi precum şi nava centrală poartă bolţi semicilindrice cu penetraţii, ornamentate odinioară cu nervuri de teracotă dispusă în formă stelată, vopsite în roşu, după cum o dovedesc urmele din colţul sud-vestic. Deasupra micilor bolţi în cruce ale colateralei nordice s-a ridicat o tribună, pe când colaterala sudică atinge înălţimea navei centrale, acoperită cu bolţi în cruce, separate de arcuri dublou în arc frânt. Pe latura de nord s-au conservat stâlpii originali de secţiune pătrată, adosându-li-se însă colonete pentru susţinerea bolţii navei centrale. Arcadele romanice, deschise între aceşti stâlpi spre colaterala nordică, au fost înălţate şi închise în arc frânt. Stâlpii laturii de sud, mult îngroşaţi prin întărituri, prezintă profiluri întărite, care nu reuşesc însă să atenueze masivitatea lor. Arcul triumfal, azi foarte înalt, închis în arc frânt, păstrează o cornişă plasată mai jos, în punctul naşterii unui arc romanic anterior, reprezentând deci o urmă a bazilicii romanice. Portalul apusean ca şi portalurile laterale dispuse pe acelaşi ax, îngusta intrare a preotului în peretele de sud al corului, ca şi toate ferestrele sunt terminate în arc frânt, profilurile lor având un caracter rustic şi greoi. Proporţiile bisericeşti nu sunt prea fericit rezolvate, încât execuţia poate fi atribuită unor meşteri locali şi nu unora calificaţi la marile construcţii citadine. Doar tabernacolul din peretele de sud al corului prezintă forme ale goticului târziu, mai graţioase, vădind o certă influenţă orientală în desenul detaliilor. O clopotniţă de 44 m înălţime, cu şase caturi şi o galerie cu balustradă din paiantă a fost aşezată în faţa laturii apusene, liberă pe trei caturi, aşa încât parterul ei, deschizând trei arcade mari în arc frânt, forma un portic al bisericii în faţa intraării principale. Odată cu fortificarea începută pe la anul 1500, turnul a fost înconjurat de o camaşă de piatră, ridicându-se până la înălţimea catului al doilea cu acoperiş în formă de pupitru.
O soluţie mai temeinică pentru aşezarea parapetului care maschează gurile de păcură o oferă sistemul prin care contraforturile sunt legate între ele cu arhivolte, lăsând un interval, un gol, între planul peretelui şi arhivoltă, prin care duşmanul ajuns la piciorul zidului, putea fi atacat de sus. Pe arhivolte se ridicau apoi parapete de zid în locul celor din lemn. După acest sistem au fost construite parapetele de peste corul bisericii ev. din Agnita.
Numit turnul olarilor, acest corp de apărare era prevăzut cu metereze, despărţit în două caturi printr-o platformă din bârne, catul superior fiind accesibil printr-o scară îngustă ce urcă din aripa nordică. Un coridor trecând în faţa laturii apusene a clopotniţei leagă aripa de nord cu cea de sud a acestui turn. Acesta nu era închis faţă de porticul clopotniţei, ale cărui caturi superioare erau de asemeni amenajate cu metereze, galeria de paiantă folosind la apărarea bazei turnului, care poartă un acoperiş în piramidă cu olane. Acestei puternice fortificări a laturii apusene îi corespundea, în est, bastionul ridicat deasupra corului, cu parapet devansat, aşezat pe arcadele plate ce unesc contraforturile din jurul corului. În umbra acetor arcade se deschideau largi guri de turnare pentru lichide fierbinţi. La devastarea comunei în 1600 de către trupe de mercenari, a fost arsă şi biserica, renovată în 1614. În 1890, s-au reînoit părţi ale bolţilor colateralei sudice. În 1892, bastionul de deasupra corului, devenit şubred, a fost demolat, iar în 1908, biserica a primit un acoperiş nou.
Din cauză că partea de sud a bisericii s-a mişcat, putem vedea în partea dreaptă a zidirii grosolane elemente, lucru observat şi la pilonul de sud al navei centrale şi la arcul de susţinere al peretelui exterior sudic. Cauza acestei înclinări (cufundări), poate fi pusă şi pe seama dinamicii pânzei freatice. Pământul pe care este construită biserica este unul constituit din argilă cu straturi de nisip, straturi conducătoare de apă. La un nivel schimbător al apei pusă în legătură cu zguduituri puternice se pot mişca şi cele mai solide ziduri, care duc la fisuri, caz valabil şi în privinţa bisericii de la Agnita.
Actualmente se mai păstrează incinta interioară prevăzută cu patru turnuri, respectiv: turnul dogarilor în partea de N, este şi turn de poartă (hersa demontată la sfârşitul secolului XIX); turnul fierarilor în partea de E; turnul croitorilor în S şi turnul cizmarilor în partea de SV.
În anul 1845 a fost demolată curtina exterioară, iar în anul 1867 erau desfiinţate cămările de provizii.